乌海银行总行内设15个部室，下辖22家支行和1家营业部。乌海银行不断优化金融资源的配置，积极拓展发展空间。2008年至2009年先后在阿拉善盟乌斯太镇和鄂尔多斯棋盘井镇设立2家支行，标志着乌海银行实现了从本土经营到跨行政区域经营的历史性突破。同时，为落实银监会建设新型农村金融机构，促进社会主义新农村建设的指示精神，乌海银行发起设立了海南省文昌市、琼海市以及内蒙古鄂尔多斯市杭锦旗、巴彦淖尔市乌拉特前旗、广东始兴5家村镇银行。